La tolerancia inmunológica significa reducir o eliminar los síntomas provocados por la exposición al alérgeno. Solo la inmunoterapia puede modificar de esta forma la enfermedad
La modificación de la enfermedad se consigue mediante dos procesos inmunológicos distintos, ambos desencadenados por la inmunoterapia: la desviación inmunitaria y la tolerancia inmunitaria. La desviación inmunitaria es un proceso por el cual las células Th2 en la respuesta inmunitaria alérgica se sustituyen por otras células Th. Por otro lado, se obtiene tolerancia inmunitaria gracias a las células T reguladoras, que inhiben la respuesta alérgica. Estos procesos derivan en la inducción de anticuerpos bloqueantes IgE, que neutralizan parcialmente la respuesta alérgica inmunitaria.
El beneficio de usar inmunoterapia junto a medicación sintomática, en lugar de únicamente medicación sintomática, es el efecto en la modificación de la enfermedad por la inmunoterapia. Solo el tratamiento con inmunoterapia consigue modificar la enfermedad y, además de la rápida reducción de los síntomas y la reducción en el uso de medicación sintomática tras iniciar el tratamiento, la inmunoterapia ofrece una mejora continua tiempo después de finalizar el tratamiento, por ejemplo, la reducción constante de medicación sintomática y el menor riesgo de desarrollar síntomas de asma.